Через семь дней после предполагаемой гибели капитана Шеридана на Захадуме и исчезновения Гарибальди. Лига Миров распадается. Большинство считают, что война окончена и хотят отозвать свои корабли. Посол Ворлона также потерял интерес к "Вавилону 5" и судьбе Шеридана. Лондо прилетает на Приму Центавра и узнает, что безумный император Картажье отдал остров Целини под базу Теней в обмен на свое обожествление. В своих покоях он встречается с выжившим после взрыва Морденом. Поняв, что Картажье тянет Центавр в пропасть, Лондо связывается с Виром и приглашает его принять участие в заговоре против императора. Деленн, Лита и Иванова на "Белой Звезде" летят к Захадуму, чтобы попытаться найти Шеридана, но и сами едва не погибают, захваченные "Оком Захадума". Капитан Шеридан встречает Лориена.
Новые персонажи:Лига Миров распалась. Деленн морит себя голодом и медитацией. Г'Кар и Маркус ищут Гарибальди. Хозяин одного из баров выдает Г'Кара центаврианам. Нарн схвачен и доставлен на Центавр. Лондо предлагает Г'Кару союз: его помощь в убийстве Картажье в обмен на обещание Лондо освободить Нарн.
Новые персонажи:Деленн собирает рейнджеров для того, чтобы напасть на Захадум. Лига отказывается помогать ей и даже хочет помешать, опасаясь, что это нападение спровоцирует Теней. Иванова и Маркус ищут Изначальных, надеясь привлечь их на свою сторону. Вместо этого они натыкаются на спрятанный в гиперпространстве флот Ворлонов. Вскоре выясняется, что ворлонцы нашли радикальный способ борьбы с Тенями - они уничтожают все планеты, хоть как-то связанные с ними. Зак находит и возвращает на "Вавилон 5" Гарибальди. Картажье продолжает пытать Г'Кара. В разгар всех этих событий к "Вавилону 5" причаливает корабль с Лориеном и Шериданом на борту. Капитан произносит зажигательную речь, призывая к объединению против общего врага и получает полную поддержку.
Новые персонажи:Ворлонцы продолжают уничтожать планеты. Их флот на пути к Приме Центавра. Лондо хочет заманить Картажье на Нарн, чтобы убить его и освободить Центавр от Теней. Шеридан собирает флот для решающей битвы. Чтобы не допустить утечки информации Шеридан вместе с Лориеном, Литой Александр и Кошем номер один, чья частица все еще находилась в Шеридане, убивают посла Ворлона. Лориен рассказывает Деленн о том, как он наполнил Шеридана энергией на двадцать лет.
Новые персонажи:Вир убивает императора Картажье. Сдерживая данное Г'Кару обещание, Лондо освобождает Нарн. Команде "Вавилона 5" становится известно, что следующим объектом нападения ворлонцев будет Кориана VI, планета с 6 миллиардами населения. К этому времени Тени тоже начали уничтожать планеты, поддержавшие ворлонцев. Шеридан решает заманить к Кориане VI Теней и Ворлонцев с помощью дезинформации капитана Эрикссона.
Новые персонажи:Министр разведки Дурано сообщает, что Адиру Тэри отравил не лорд Рифа, как всегда думал Лондо, а Морден. Лондо заминировал и взорвал остров Целини вместе с базой Теней и казнил Мордена.
Новые персонажи:Кларк отдает распоряжение Пси Корпусу, Министерству Мира и армии закрыть "Вавилон 5". Гарибальди подает в отставку с поста начальника Службы Безопасности. Лондо возвращается на "Вавилон 5", перед отъездом с Центавра назначив Регента. Бестер появляется на станции с известием о том, что Пси Корпус готовит против "Вавилона 5" провокацию. Взамен этой информации, он хочет полететь на За'Ха'Дум, для того, чтобы получить доступ к технологии Теней, и освободить Кэролин Сандерсон. Эскадрилья под командованием Ивановой уничтожает "Черные Омеги". Лита телепатически посылает сигнал на подрыв планеты Теней. Регент под контролем Стража Дракхов.
Новые персонажи:На станцию прилетает съемочная группа "Межзвездных новостей". Репортер Дэл Ренделл предлагает Шеридану сделать правдивый репортаж о станции. В результате ISN показывает репортаж о том, как одержимый "синдромом минбарской войны" Шеридан в сговоре с инопланетянами ставит генетические эксперименты над землянами, с целью их скрещивания с минбарцами.
Новые персонажи:Деленн вызывают на Минбар для того, чтобы она представила объяснения своих отношений с Шериданом. Ее клан обеспокоен возможностью нарушения чистоты минбарской крови. Для того, чтобы Деленн смогла разобраться в себе она должна войти в Грезы и выяснить, что ею движет: любовь или чувство вины за отданный много лет назад приказ, развязавший войну с Землей. Войдя в Грезы вместе с Ленньером в качестве сопровождающего, Деленн выясняет, что она- потомок Валена, то есть Синклера. А следовательно, она, как и многие другие минбарцы носит в себе ДНК людей. Калленн просит Деленн сохранить это открытие в тайне, чтобы предотвратить недопонимание и предлагает компромисс: ей разрешат вступить в брак с Шериданом, но представят все это как следование древнему минбарскому обычаю, по которому клан победителей отдавал по окончании войны женщину проигравшей стороне, как символ жизни и примирения. Маркус и Франклин отправляются на Марс для того, чтобы установить связь с Марсианским Сопротивлением. Несмотря на недовольство Зака, ему приходится облачится в новую форму, подаренную команде "Вавилона 5" Деленн.
Новые персонажи:Франклин и Маркус прилетают на встречу с Марсианским Сопротивлением по документам молодоженов и едва не погибают от рук недоверчивых революционеров. Выясняется, что капитан Джек под влиянием вживленного ему Стража подменил их удостоверения личности и пытался убить Номер Один в сопротивлении. После выяснения Джек кончает с собой, а посланцы "Вавилона 5" договариваются с повстанцами о совместных действиях по свержению Кларка. Стивен и Номер Один (Тэсса) весело проводят время, пока Маркус поигрывая минбарским посохом мечтает об Ивановой.
Новые персонажи:Участившиеся нападения на пакмарские корабли вынуждают Деленн отправится для разъяснения ситуации в этот сектор космоса. Минбарец из касты жрецов Форелл обманом завлекает ее на встречу с дракхами. Узнав о том, что она на борту, дракхи атакуют "Белые Звезды". Несмотря на численный перевес Деленн возвращается, чтобы контратаковать противника и уничтожить их корабль-носитель. В конце серии выясняется. Что невозможность отступления с поля боя у минбарцев прописана в генах. Ситуация на Минбаре приближается к гражданской войне.
Новые персонажи:Гарибальди помогает Лиз Хэмптон и Уайду пронести через таможню то, что Эдгагс называет "лекарством для телепатов". Шеридан собирается использовать флот рейнджеров для защиты границ Лиги от дракхов и пиратов. На "Вавилоне 5" начинает работать "Голос Сопротивления".
Новые персонажи:Шеридан хитростью убеждает Лигу подписать договор, по которому "Белые Звезды" будут патрулировать их границы. На Минбаре начинается гражданская война и Деленн по пути домой встречается с Неруном, чтобы договориться о совместных действиях.
Новые персонажи:Гражданская война на Минбаре остановлена дипломатией Деленн и самопожертвованием Неруна. Деленн созывает новый Серый Совет, в котором Каста Мастеров имеет преимущество в один голос и место лидера оставлено свободным в память о Неруне. Бестер снова прилетает на "Вавилон 5" и делает Лите двусмысленное предложение. Шеридан принимает решение о начале военной компании против президента Кларка.
Новые персонажи:Шеридан впервые вступает в сражение с Земным Космофлотом и снимает блокаду с Проксимы III. Лига Неприсоеденившихся миров соглашается выделить корабли для охраны "Вавилона 5" на время шеридановской войны против Кларка. Гарибальди улетает на Марс. Вира мучают ночные кошмары.
Новые персонажи:Флот Шеридана продолжает наступление. Гарибальди прилетает на Марс и встречается с Эдгарсом и Лиз. Люди Эдгарса закончили испытание вируса и теперь готовы применить его против телепатов. Гарибальди соглашается помочь Эдгарсу захватить Шеридана. Франклин выясняет, что Лита способна на короткое время заблокировать сигнал, управляющий обработанными Тенями телепатами.
Новые персонажи:Гарибальди заманивает Шеридана на Марс и сдает его людям Кларка. Пси Корпус убивает Эдгарса и похищает образцы вируса и анти-вируса. Бестер снимает блок с памяти Гарибальди. Лиз похищена местными бандитами. Иванова встает во главе флота вместо Шеридана. На Марс доставляют криокамеры с телепатами.
Новые персонажи:Шеридана пытают.
Новые персонажи:Гарибальди захвачен Марсианским Сопротивлением. С помощью Литы ему удалось доказать свою невиновнось. Вместе с Литой и Франклином они освобождают Шеридана. В решающей битве с новыми крейсерами Кларка "Белая Звезда" Ивановой получает серьезные повреждения. Сама Иванова ранена.
Новые персонажи:Финальная битва за Землю завершилась победой. Кларк покончил с собой, перед смертью попытавшись сжечь всю планету. Маркус жертвует собой, спасая Иванову.
Новые персонажи:Лига Неприсоединившихся миров самороспускается, чтобы образовать Межзвездный Альянс. Его первым президентом становится Шеридан. Иванова получает назначение капитаном нового фрегата класса "Колдун". Деленн и Шеридан женятся. Новым президентом Земного Содружества становится Сюзанна Лученко из Российского Консорциума. Лондо получает известие о болезни регента и отправляется на Центавр.
Новые персонажи:Финальная серия четвертого сезона. Наследие "Вавилона 5" через 100, 500, 1000 и 1 миллион лет спустя.
Новые персонажи: